Analyse des Transkriptoms menschlicher Zellen auf der Basis von ChiP-seq und RNA-seq Daten

(01.12.2012)

Sauerstoffmangelversorgung (Hypoxie) ist eine häufige Komplikation bei unterschiedlichen Erkrankungen wie Herzinfarkten, Schlaganfällen, Infektionen und Tumoren. Als Antwort der einzelnen Zelle erfolgt die Stabilisierung von Hypoxie induzierbaren Transkriptionsfakoren (HIF), die direkt an DNA binden können und dadurch die Expression von Genen regulieren, die der Mangelversorgung entgegenwirken. Die neue "High- throughput sequencing” Technik macht es möglich, das gesamte Transkriptom (alle abgelesenen Gene) der Zelle zu analysieren. Dieses umfasst nicht nur die für Proteine kodierende messenger RNA sondern auch nicht-kodierende RNA (ncRNA), der funktionelle Bedeutung für die Biologie von zunhemendem Interesse ist.
In Kooperation mit der Medizinischen Klinik 4 am Universitätsklinikum sollen Transkriptom-Datensets von hypoxischen Zellen im Vergleich zu Kontrollbedingungen hinsichtlich der hypoxischen Regulation bekannter ncRNAs untersucht werden. Die Ergebnisse sollen zudem im Kontext mit HIF- Bindungsstellen analysiert werden. Prospektiv sollen die Ergebnisse benutzt werden, um neue Transkripte und deren Funktion in der hypoxischen Zellantwort funktionell aufzuarbeiten.

Partner

  • Medizinische Klinik 4

Mitarbeiter

  • Dr. med. Johannes Schödel